Über die genaue Hintergrundgeschichte von Halo ist, angesichts des noch recht frühen Entwicklungsstadiums, noch nicht viel bekannt. Wie auch schon bei Myth 1/2, entwickeln die Leute bei Bungie in drei Schritten: Erst das Grundgerüst (Grafik-Engine, etc.), dann der Multiplayer-Part, und als letztes der Singleplayer-Modus mit der eigentlichen Story.
Die Entwickler bei Bungie haben schon viel Erfahrung mit guten, packenden Storys, wie Marathon & Myth bewiesen haben.
Die Story: In einer hunderten von Jahren entfernten Zukunft hat die Menschheit begonnen, sich auf andere Planeten und Galaxien auszuweiten. Sie errichten immer mehr Vorposten und kommen so den mächtigen Covenant entgegen – eine Ansammlung mehrerer verschiedener Alien-Rassen. Keine von diesen ist den Menschen freundlich gesinnt.
Durch ihren religiösen Eifer angetrieben, vernichten sie jeden Vorposten der Menschen. Einer der letzten Überlebenden schmiedet einen Plan: Anstatt die Covenant näher zur Erde zu führen, will er sie weglocken. Die gesamte Armada der Covenant folgt dem einzelnen Raumschiff.
In einer unbekannten Galaxie entdecken sie einen überdimensional großen Gasplaneten, umkreist von einem Mond. Um beide herum ist eine riesige ringförmige Struktur mit einem Durchmesser von 10.000 Meilen – genannt Halo. Dieser Ring besitzt eine eigene Atmosphäre und ist bestückt mit mehreren Kontinenten.
Ein Elite-Offizier des Militärs schafft es, auf der Oberfläche des Rings zu landen. Überall verstreut landen auch die Covenant und es entfacht ein Guerilla-Krieg auf der gesamten Ringwelt. Genau hier wird dann das eigentliche Spiel beginnen...